毛耳飞鼠是一种热带型的小鼯鼠,一般成对夜间活动,无冬眠习性黄昏即出洞寻食。主食多种植物的嫩枝、树叶、花芽和果食,如榕树果、芒果等。
毛耳飞鼠多以树洞为穴,巢的结构颇精致,分为三层,外层及巢底用枯树枝编成,中层是用一种浅白色干枯枝的长纤维织就,内层是头发状的纤维絮系牢,不易折散,巢直径约20厘米,椭圆,巢顶部尚有遮掩体。
繁殖期为4~8月,每年一胎,每胎2~4仔。
个体小,数量也不多。因其生物学资料不全,具体数量不详,但总体数量呈下降趋势。
毛耳飞鼠是濒危物种,列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2008年濒危物种红色名录。