小飞鼠无冬眠习性。夜行性,多于黄昏后活动,白昼也偶尔可见。日间受到惊动后,即慢慢爬至洞口,有的即窜出往下滑翔,着地后急速爬上就近的树干,最后紧贴身子隐没于树杈或枝叶密集处;有的则往往在其洞口探视片刻,视其周围的动静而窜出洞滑翔或留守洞内。常在树上攀爬,或在树枝间滑翔。滑翔时,尾平展,伸直四肢,撑开皮翼,向下飘动,远达50m。
小飞鼠筑洞及营巢的树种主要是山杨和桦树,占据营巢的乔木,由于其髓部被挖空,致使该树不久即枯死,而小飞鼠居住其中,日积月累,洞穴不断加深,但洞径始终不变,洞口大小恒定,仅有时会增加出入的洞口数。巢穴底部主要以苔藓类为巢材加以填充。小飞鼠驰洞口距地面的高度无规律性,低的2-3m,高的可至6-7m。
小飞鼠以松子、浆果、树枝的嫩芽为食,也食蘑菇,秋末常储存坚果等食物过冬。
小飞鼠4-6月繁殖,每年产1胎,每胎2-4仔。
小飞鼠的天敌有食肉类的豹、野猫、鼬类,以及鹰雕类猛禽。
在芬兰,小飞鼠非常普遍,但数量仍下降,详细研究表明在1980到2001年间,数量下降了20-58%,也没有数量稳定或增加的地区,并预计在未来继续下降。2002到2005年,芬兰雌性小飞鼠的数量估计在134800-151300只(95%可信度)。小飞鼠在俄罗斯和日本北海道极为普遍。该种总体种群数量呈下降趋势。