三趾心颅跳鼠属于心颅跳鼠亚科(Cardiocraniinae)。该种虽然分布较广,但数量稀少。在全国标本都很少。分类上没有争议,有2个亚种。生态上信息非常少,研究很薄弱。
三趾心颅跳鼠为亚洲中荒漠地带特有种类,分布范围较窄,栖息于覆盖度极低的红柳,盐爪爪流动与半流动沙丘及大风通道而有流沙的地方或戈壁、沙丘,数量较多。洞道短直,结构简单。1982年在敦煌鸣沙山,偶见一洞,长约30-40厘米,洞口径3-4厘米。四月底开始繁殖,五月发现孕鼠,每胎3-4仔。黄昏及夜间活动,冬眠。以植物茎叶及种子为食。也猎食鞘翅目昆虫。天敌为鼬类。由于各个种的种群数量比较稀少,野外捕获相对比较困难 。
列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2013年濒危物种红色名录ver3.1——易危(VU)。
列入《华盛顿公约》(CITES )附录Ⅰ。
列入中国国家林业局2000年8月1日发布的《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。