甘肃绒鼠属于田鼠亚科(Arvicolinae),甘肃绒鼠和另外一个种岢岚绒鼠(<Caryomys inez>)同为绒.属成员,在分子系统学上,绒䶄属(<Caryomys>)和绒鼠属(<Eothenomys>)有很近的亲缘关系。以前,绒.属一直作为绒鼠属的亚属。刘少英等(Liu et al.,2012,2018)通过分子系统学方法将绒.属独立为属级分类单元。
甘肃绒鼠是四川西部岷山、陕西秦岭高海拔(2500m以上)地段亚高山森林、灌丛及人工林生态系统中的主要成员。在宁夏六盘山、青海循化等区域分布海拔稍低。在分布区内数量很多,喜湿润、土壤疏松、肥沃、腐殖质厚、杂草盖度高的生境。在种群数量大时,对人工林造成严重危害。