根田鼠很耐湿,在非常潮湿,甚至稍微涨水就被淹没的河谷湿地种群数量都很大。对草地、湿地生态系统有一定危害。在分类上,长期和柴达木根田鼠(<Microtus limnophilus>)混淆。单从头骨、牙齿特征看,它们确实很相似:第1下臼齿也只有4个封闭三角形,上臼齿列中3枚牙齿的形态也完全一致。但它们也有明显的区别:根田鼠个体大得多(柴达木根田鼠体长平均不达110mm),柴达木根田鼠尾长和体长之比仅35%左右,颜色也有很大区别。另外,就是分布区不重叠,柴达木根田鼠仅分布于青藏高原及其周围,而根田鼠在我国仅分布于新疆。
根田鼠筑洞穴居,洞道较简单,大多为单一洞口。筑窝于草堆、草根、树根之下方。个别个体筑有外窝。以植物的绿色部分为食,冬季挖食植物之根部、块茎幼芽、种子。营昼夜活动之生活方式。天敌主要为鼬类、狐和狼,猛禽类。
该物种列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2013年濒危物种红色名录ver3.1—-易危(VU)。