高山姬鼠属于鼠亚科(Murinae)。该种的分类地位也有一定争议,以前,一些科学家将其作为黑线姬鼠(<Apodemus agrarius>)的亚种。同物异名也有几个。高山姬鼠是姬鼠属中个体最大者。分布海拔较低,一般不超过1500m,在云南,分布海拔可达2500m左右。在低海拔的灌丛中种群数量很大,农田、次生草丛也有分布。
高山姬鼠的洞穴结构比黑线姬鼠的的复杂些,除天然石穴外,一般是在土埂的中下部掘土造穴,个别在田中央筑穴。洞穴主要由巢室、明洞、暗洞和洞道组成。巢室是高山姬鼠生育和休息的场所,常位于土埂的中上部,一般为3个,常排列在一条直线上,除个别外,只有一个巢室里边筑有巢,多数是筑在中间的一个巢室里,个别是筑在左边或右边的巢室。
高山姬鼠在农作区主要取食粮食作物,特别喜食稻谷、玉米、花生、红薯、荞麦、南瓜等。非农作区则以草籽、树种子及果实为食。高山姬鼠占着有利的自然环境,食物终年不缺。喜食种子食物,很少取食植物绿色部分。
高山姬鼠繁殖期为5-11月,每胎产仔3-6只,而在中国四川,该种四季可繁殖,盛期为3-5月。
杨再学等(2000)研究指出处在不同年龄组的高山姬鼠繁殖力存在显著差异,以老年组最高,亚成年组最低,繁殖指数随种群年龄的增长而增大,由此可知,随着种群年龄的增长,雌鼠繁殖力不断增加,高山姬鼠的繁殖群体主要是成年组和老年组。
在中国贵州,高山姬鼠各年度间的种群年龄结构基本稳定,均以成年组个体占绝对优势,占总鼠数的26.67%~37.98%,平均32.02%,其次是亚成年组、幼年组,老年组个体最少。由此可看出,高山姬鼠种群年龄结构呈典型的“金字塔”型。在该地区其是一个比较稳定增长的种群。
列入《世界自然保护联盟》(IUCN) 2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危(LC)。