澜沧江姬鼠属于鼠亚科(Murinae)。该种分类地位争议较大,长期以来将其作为龙姬鼠(<Apodemus draco>)的亚种,因为形态上和龙姬鼠很近似,仅背部毛色有差异,从外形上确实很难将它们分开。近年来,通过分子系统学方法才最终将澜沧江姬鼠独立为种。它和龙姬鼠分布区域不重叠。澜沧江姬鼠没有亚种分化。栖息于林区、灌丛及靠近山区的灌木杂草丛中,喜潮湿地带,筑洞穴居生活,以多种植物种子、果实为食,也吃植物绿色部分及一些昆虫。主要在夜间与晨昏活动,繁殖期为4-11月,每胎产仔最少3仔,最多10仔,平均5-7仔。