小眼姬鼠属于鼠亚科(Murinae)。主要栖于较潮湿的森林和森林草原中,并沿着河谷和灌丛而进入草原和荒漠草原。在新疆北部地区多栖息以杨、柳为主的阔叶林和以云杉、冷杉为主的针叶林、灌丛以及农田中的小麦、胡麻等作物地,以及杂草丛生的水渠埂、潜水溢出带等生境,不见于荒漠地区。以前,该种一直被认为是小林姬鼠(<Apodemus sylvaticus>),但生化及形态学研究结果,以及分子系统学及形态学研究结果均认为,小林姬鼠仅分布于欧洲西部,分布于我国新疆和邻近地区的为1811年命名的,模式标本位于俄罗斯乌拉尔山南部的小眼姬鼠(<Apodemus uralensis>)。