西南绒鼠属于绒鼠属东方绒鼠亚属(<Anteliomys>),种级地位稳定。种下现有4个亚种,均分布于云南。指名亚种<E. c. custos>(Thomas, 1912),模式产地为云南德钦;丽江亚种<E. c. rubelius>(Allen, 1924),模式产地为云南丽江玉龙雪山;苍山亚种<E. c. cangshanensis> Wang et Li, 2000,模式产地为云南大理苍山;宁蒗亚种<E. c. ninglangensis, Wang et> Li, 2000,模式产地为云南宁蒗。