灰颈鼠兔属于 <Conothoa>亚属。该种分类较混乱,曾经把高黎贡山的红棕色灰颈鼠兔作为一个新种— —高黎贡鼠兔(<Ochotona gaoligongensis>),分子生物学研究结果显示它就是灰颈鼠兔。高黎贡山南段的灰颈鼠兔曾经被命名为另外一个亚种(<O. forresti osgoodi>),其全身黑色的个体曾经被命名为一个新种——黑鼠兔(<Ochotona nigritia>)。分子生物学研究结果显示,这种黑鼠兔属于灰颈鼠兔。同时,一些科学家认为,鼠兔颜色变异很普遍。
该物种列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2013年濒危物种红色名录ver3.1—-易危(VU)。