棕果蝠是典型的热带蝙蝠,不冬眠,虽常与其他蝙蝠共栖一洞,但从不相混杂,而且凡有果蝠栖居的洞穴,种群中皆以果蝠占优势,颇似有种间排挤现象。夏秋炎热季节,在洞穴栖居者数量减少,集小群而散居洞外,而冬春季节多在洞穴内大量聚集。
白天群栖于石灰岩山洞或废弃房屋,夜晚外出觅食。多以野生浆果等为食,但在水果收获季节,也吃食一些龙眼、芒果、荔枝等,对果树生产造成一定危害。大便不成形,象黄色鸡屎,粘性大,稍臭。棕果蝠在广东、广西、海南、福建等省区均有为害,傍晚飞进附近果园中在将近成熟的果树上为害,使果实损失惨重。棕果蝠的天敌主要是猫头鹰和蛇类。。随着洞穴的开发利用,该种蝙蝠的种群数量呈现减少的趋势。
棕果蝠的繁殖季节主要是在夏季,只见夏秋季的个体有孕仔。一般4、5月份的孕仔有指头大小;7、8月份的孕仔已发育完全,将近或已经娩出;10月间果蝠的幼仔尚正在哺乳中。雌性果蝠每胎产1仔。
列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危(LC)。