中菊头蝠为常见的洞穴型蝙蝠种类。栖息在潮湿的山洞和废弃矿井、坑道等地,可与大蹄蝠(<Hipposideros armiger>)、小菊头蝠(<Rhinolophus pusillus>)、皮氏菊头蝠(<R. pearsonii>)、中华鼠耳蝠(<Myotis chinensis>)等同穴共栖。以蚊类、蛾类等昆虫为食。对人类有益。
中菊头蝠常单只或成群的倒挂于岩洞侧壁上,栖息高度约2-3米,同洞栖居的曾见有鲁氏菊头蝠、角菊头蝠、蹄蝠、毛腿鼠耳蝠和折翼蝠等。冬眠时受干扰不惊飞,胃内无食,肠内宿粪也很少。4月份陆续出眠。白天在洞内休息,约19:30出洞取食,捕食蚊类、蛾类等昆虫,肠长约为体长的2.68倍(2.2-3.1),一般23:00以前多数已返回洞内。
中菊头蝠繁殖时间在春夏季,胚胎孕育于子宫右侧角,每胎产1仔,部分雌性第二年性成熟。
中菊头蝠是一个具有高度适应性的物种,广泛存在于南亚、中国和东南亚,没有这个物种所面临的主要威胁,种群分布不零散,发展趋势稳定。
中菊头蝠已列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危(LC)。