马铁菊头蝠群栖性,栖息山洞内同时分布有鼠耳蝠、东方蝙蝠等种类。昼伏夜出,白天在石缝或墙缝间睡眠,多单独悬挂于石壁上,悬挂时以两肢并齐倒悬抓于石壁,前肢包裹全身,当外来声息及光亮照射时,有的呈深度麻痹状态,有的个体则受惊飞逃,飞逃时先将头部伸出,频频左右摆动,耳部不断颤动,鼻尖不断嗅闻,到一定时间(约3分钟),随即起飞。
马铁菊头蝠11月冬眠,冬眠时单只栖息在10m左右深有滴水较潮湿处的山洞内,多呈倒悬垂姿式,以爪钩住岩壁裂纹或缝隙,左、右前臂骨在背面靠近几呈平行,翼膜向腹面包被整个身体和头的大部,尾膜向后下翻;由于前臂骨上的肌肉冻得发红,与棕色的背及黑褐色翼相间而似一倒悬之花苞。翌年4月出蛰。
马铁菊头蝠黄昏出来捕食,以鞘翅目及鳞翅目昆虫为主。
马铁菊头蝠6月上、中旬产子,每胎1子。刚出生的小蝙蝠紧咬住母体胸部的乳头,以背部靠近母体腹部,两足倒挂起来,或匍匐在母体腹下。
列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危(LC)。