华南菊头蝠数量较为稀少,为洞穴型蝙蝠。可见与中华菊头蝠(<Rhinolophus sinicus>)、小蹄蝠(<Hipposideros pomona>)、大耳菊头蝠(<R. macrotis>)等同栖一个洞穴。在发表新种前,通常被鉴定为大耳菊头蝠(在国内包含了多个亚种),可以根据其鼻叶形态和前臂长进行区别,华南菊头蝠体型偏小。还有学者认为,本种与分布于泰国的清迈菊头蝠(<Rhinolophus siamensis>)为同物异名(Zhang et al.,2009),但后者体型更小。随着调查的深入,华南菊头蝠的分布区可能会进一步扩大。