大菊头蝠栖息于岩洞中,常与其他种菊头蝠和蹄蝠共处一洞,但总是单只独挂在洞顶壁上,而且大多数离洞口不太远的较亮处。在江西遂川捕获的1只,其悬挂处仅距地面不足3m高。据在浙江杭州千人洞1980-1986年观察记录,若不受惊扰,很少迁洞。在海南五指山的标本来自原始林缘的茅草坡上空,当时它们正在两三只结群飞翔觅食,不时在树枝上倒吊者停歇。在安徽1月采到的雄体阴囊较大,睾丸5×3.5mm。黄昏时分飞出捕食昆虫。台湾菊头蝠(<Rhinolophus formosae>)原被认为是本种的一个亚种,现独立成种,为台湾岛特有种。
各地的数量均很少。种群非常小,占有面积有限,容易受人类活动的影响。捕食昆虫,但分布区小,数量不多,因此意义不大。
蝙蝠的栖息地(如洞穴、皮弃矿洞等)易受干扰。一些山洞被开发为旅游点。农民为了收集蝙蝠粪和吃蝙蝠肉,在洞内烟熏或网捕,致使它们不是离洞而去就是被捕杀。此外,杀虫剂的应用也影响到它们的生存。化肥农药的使用威胁蝙蝠种群数量。通过富集作用,蝙蝠体内累积化学农药等有害化学成分,导致蝙蝠繁殖低、生存能力受到影响。
已列入《中国脊椎动物红色名录》,评估级别:近危NT。