马氏菊头蝠体型较小,为洞穴型蝙蝠,曾见与中华菊头蝠(<Rhinolophus sinicus>)、小菊头蝠(<R. pusillus>)、小蹄蝠(<Hipposideros pomona>)等栖息在同一洞穴。为食虫蝙蝠,有冬眠习性。马氏菊头蝠属于 <philippinesis>-<group>,容易与大耳菊头蝠混淆,因其特殊的杯状叶形态(鞍状叶舌状,基部向两侧扩展构成蝶形翼状突),可与同组的大耳菊头蝠和贵州菊头蝠(<R. rex>)等相区别。
马氏菊头蝠已知分布于缅甸、泰国、越南和马来西亚北部”J。在广西的发现,是马氏菊头蝠的最北端分布。