小蹄蝠体形较小。栖息于潮湿的岩洞或废弃的防空洞中。为较常见种类,通常集结数十或数百只大群,同一洞中可见他种蝙蝠。夜间活动。食虫,以鳞翅目昆虫居多。
傍晚或夜里飞行寻找食物。根据品种不同,小蹄蝠以食甲虫、飞蛾等细昆虫为主,捉到猎物后会带返巢内吃。白天,小蹄蝠寻找黑暗、隐蔽的地方头朝下睡觉,翅膀在身体附近或紧贴身体折叠起来。小蹄蝠不同一些特殊蝙蝠群体,属于双性同居模式,同一环境下,雌雄比例接近1:1,寒冷时节,小蹄蝠会冬眠或迁徙。
整个小蹄蝠群的性周期是同步的,因此大部分交配活动发生于数周之内。妊娠期约到3-4月。正因为其较长的妊娠期,所以繁殖力不高,属于濒危物种。小蹄蝠通常每窝产1-4仔。幼仔初生时无毛或少毛,常在一段时间内不能视不能听。幼仔由亲体照顾1-2个月。
小蹄蝠在中国境内地区的分布非常的稀少,基于其较低的繁殖力与稀疏的分布状况,被列为濒危物种。