毛腿鼠耳蝠的分类可能有一些混乱。不同学者具有不同的分类观点,有学者提出该种与鬚鼠耳蝠(<Myotis mysticinus>)、大趾鼠耳蝠(<M. macrodactylus>)、长指鼠耳蝠(<M. capaccinii>或 <M. longipes>)有亲缘关系,但它被认为是中国的特有种,为有效种。在野外与长指鼠耳蝠(<M. longipes>)不易区分。虽然分布广,但是标本很少,按目前掌握的一些新标本,它的体型可能要更大一些,有些前臂长可达44mm。洞栖,集群,可与其他鼠耳蝠如华南水鼠耳蝠(<M. laniger>)混居。喜水面觅食。
毛腿鼠耳蝠常成小群或3-5只一起匿于石缝穴中,也有少数单只挂于洞壁,栖点一般高均2-3m。曾见与折翼蝠、鲁氏菊头蝠、皮氏菊头蝠、大蹄蝠等同居一洞,偶见与绒鼠耳蝠混居一处。有冬眠习性,11月下旬进入冬眠,翌年3月中下旬出眠。2月下旬当室温8.2-9.2℃时,其体温8.9-10.4℃。以飞虫为食,其肠道长度约为体长的3.66倍(3.46-3.88)。
毛腿鼠耳蝠6月上旬产仔,每胎产1只仔。初生仔重约2g,眼未睁开,但张口要吃,生命力也较强,幼仔成长较快,6月中旬有的幼仔体重已达5g。
毛腿鼠耳蝠已列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2008年濒危物种红色名录ver 3.1——无危(LC)。