小巨足蝠隶属于 <Leuconoe>亚属,与郝氏鼠耳蝠(<Myotis horsfieldii>)特别相似,但小巨足蝠翼膜止于踝部,而郝氏鼠耳蝠翼膜止于跖骨基部;前者颅骨较后者宽,牙齿亦更强,上犬齿更长,第1前臼齿更大,上臼齿齿冠更宽,但两者的上臼齿均具鼠耳蝠属之典型特征。
在泰国,雌雄混居,集小群。在红树林生境中该蝙蝠低飞于水面既捕食飞行昆虫,也拾取水面昆虫。其后足相对较强,揣测捕食水面的小鱼。因利用强壮的后足捕鱼已在对大足鼠耳蝠的研究中证实,小巨足蝠是否也用其较发达的后足来捕鱼,有待进一步核实。