中印鼠耳蝠为 Son et al.(2013)从山地鼠耳蝠(<Myotis montivagus>)独立出来的一个种。此前,山地鼠耳蝠分布于中国、印度、缅甸、越南、老挝、泰国、马来西亚、印度尼西亚的加里曼丹岛。 Son et al.(2013)在越南和老挝采集到一些标本,通过分子和形态鉴定为中印鼠耳蝠; Wang et al.(2016)在中国的广东和江西捕捉到中印鼠耳蝠。此前,山地鼠耳蝠在中国境内分布于云南、贵州、福建、河北、浙江,但因中印鼠耳蝠的发现这些分布区有待进一步确认。中印鼠耳蝠比山地鼠耳蝠体型稍大。
关于中印鼠耳蝠的生态习性了解甚少。已知栖息地包括山洞、桥下裂缝,喜欢在水域活动。