长指鼠耳蝠曾被归入<Myotis capaccinii>,作为其中的一个亚种;但是 Ellerman等(1951)将其独立为种,Hanák等(1969)、Corbet(1978)和 Bates(1997)等学者也相继承认此观点。<M. capaccinii>主要分布于地中海一带、欧洲群岛、非洲西北部,及伊拉克、伊朗、乌兹别克斯坦等(Simmons,2005),与长指鼠耳蝠分布区几乎没有重叠。汪松等(2001)最早将 <M. longipes>翻译为“长足鼠耳蝠”,而将 <M. capaccinii>翻译为“长指鼠耳蝠”,但是,潘清华等(2007)、Smith等(2009)均将 <M.longipes>翻译为“长指鼠耳蝠”。从英文名看,前者为 Kashmir Cave Myotis,后者为 Long-fingered Myotis,即 <M. capaccinii>翻译为“长指鼠耳蝠”更为贴切。但本文仍遵循潘清华等(2007)、Smith等(2008)观点,<M. longipes>的中文名仍使用“长指鼠耳蝠”。
该种集大种群(2000-5000只)栖息在山洞中,生活在海拔1300-1754m地区,雌性孕期及哺乳期聚集在一起,每年6月是幼仔出生和哺乳季节(Topal,1974)。广东南岭的标本采自一发电厂所修的水利洞,该洞长约2km,洞高约2m,常年有水,洞内还发现中华菊头蝠和小菊头蝠,周围植被较好。