云南菊头蝠为1872年Dobson依据采集于中国云南(China, Yunnan, Hotha,海拔1371.6m)2雄和1雌标本发表的新种,稍后即被他本人合并到皮氏菊头蝠<R. pearsonii>。Andersen(1905)根据该种和<pearsonii>的描述及图表比较,发现它们应该属于2个独立的种类。Corbet & Hill(1992)也认为应恢复为一个独立的种,即云南菊头蝠<R. yunanensis>。国内学者Wu et al.(2009)依据中国四川峨眉山标本及核型(2n=46,而<pearsonii>核型2n=44)认为该种成立。
云南菊头蝠为我国特有种,仅分布云南西部。
已列入中国生物多样性红色名录——脊椎动物卷,评估级别:易危VU。