尼泊尔鼠耳蝠体较较小,前臂长34-36.9mm。耳壳内侧边缘呈弧形,外侧基部1/4处有明显缺刻,缺刻下具凸起叶,几乎与缺刻成直角。耳屏狭长柳叶形,约超过耳长之半,耳屏基部有一个明显凹口(缺刻),其下方有一个三角形小凸叶。胫骨长14mm左右,约为后足长之2倍。距较细而短,尾末端稍伸出股间膜后缘。头骨吻部微向上翘,颅基长12.5-13.0mm;颧弓纤细,不向外侧扩展;无矢状嵴和人字嵴。背毛毛基黑褐色或近黑色,毛端淡棕色或白棕色。腹面毛基黑褐色,毛端白色或砂白色。耳壳、翼膜、股间膜和足趾均为褐色或黑褐色。
过去作为须鼠耳蝠的一个亚种<M. mystacinus kukunoriensis>(谭邦杰,1992;张荣祖,1997;王应祥,2003)。中科院西北高原研究所(1989)根据青海标本的耳郭、头骨及牙齿结构等特征与须鼠耳蝠差别较大而修正为独立的种——青海鼠耳蝠<Myotis kukunoriensis>。而Simmons(2005)则将其并入尼泊尔鼠耳蝠(<M. nipalensis>)。