琵嘴鸭常成对或成3-5只的小群,也见有单只活动的,在迁徙季节亦集成较大的群体。多在有烂泥的水塘和浅水处活动和觅食。常漫游在水边浅水处,行动极为谨慎小心,若发现人,则立即停止活动,伸头观望四方,若有危险,立刻向远处游去或者突然从水面起飞。飞行力不强,但飞行速度快而有力,常发出翅膀振动的‘呼呼’声。游泳时后部高前面低,嘴常常触到水面,速度不甚快但很轻盈。有时也在岸边地上或浅水处行走,但行动笨拙而迟缓。
主要以螺、软体动物、甲壳类、水生昆虫、鱼、蛙等动物性食物为食,也食水藻、草子等植物性食物。觅食方式主要是在水边浅水处或沼泽地上通过它呈铲形的嘴在泥土中掘食。既能边游边觅食,也能边走边觅食。游泳时嘴在水表面左右来回摆动,并能通过在水面滤水的方法收集食物。但多数时候是将头颈伸入水中,在浅水处泥底挖掘食物,有时甚至尾朝上在水中竖直起来,将头伸入水底觅食。觅食主要在白天进行,休息时多集中在紧靠觅食水域的岸边或岸上。
琵嘴鸭是迁徙性鸟类。每年3月中旬至4月初到达华北地区,4月中旬至4月末到达东北北部和长白山地区。秋季于9月末至10月末又经华北返回长江以南越冬地。
琵嘴鸭是中国传统狩猎鸟类之一,由于狩猎和环境条件恶化,数量已很少,据国际水禽研究局1992年组织的亚洲隆冬水鸟调查,中国的种群数量为23910只,西亚35549只,南亚304619只,东亚27165只,东南亚976只。在北美,据1960年调查,约200万只。在西古北区,据1975年调查,约150万只。全球种群数量约280万只。